Die Wärmestube wurde am 19. Januar 1987 durch eine Freisinger Bürgerinitiative ins Leben gerufen und war in städtischen Räumen in der Fischergasse angesiedelt.

1989 erfolgte der Umzug in den ehemaligen Armen-Speiseraum des Vinzenz Palotti Hauses, der zuvor mit Hilfe finanzieller Mittel des Caritasverbandes, des Landkreises und der Evangelischen Gemeinde renoviert wurde.

Bis zum Dezember 2004 gehörte die Wärmestube zu den sozialen Einrichtungen des Caritas-Zentrums Freising.

Seit 2005 wird die Wärmestube in Eigenregie geführt und trägt den Namen

Freisinger Wärmestube · MenschSein e.V.
Hilfe für Menschen in schwierigen Lebenslagen