Die Freisinger Wärmestube wurde am 19. Januar 1987 durch eine Bürgerinitiative ins Leben gerufen und war damals in städtischen Räumen in der Fischergasse angesiedelt.
Bis zum Dezember 2004 gehörte die Wärmestube zu den sozialen Einrichtungen des Caritas-Zentrums Freising.
Seit 2005 ist die Wärmestube ein eingetragener, gemeinnütziger Verein und trägt den Namen
Freisinger Wärmestube MenschSein e.V
Hilfe für Menschen in schwierigen Lebenslagen.
Bereits wenige Jahre nach der Gründung erfolgte 1989 der Umzug in den ehemaligen Armen-Speiseraum des Vinzenz-Pallotti-Hauses, der zuvor mit Hilfe finanzieller Mittel des Caritas-Verbandes, des Landkreises und der Evangelischen Gemeinde renoviert worden war, und den die Wärmestube unentgeltlich nutzen durfte.
Der stetig steigende Bedarf an den Hilfsangeboten der Wärmestube machte einen Umzug in größere Räumlichkeiten notwendig. Da die Einrichtung bisher nur über eine steile Treppe erreichbar war, sollten die neuen Räume auch leichter zugänglich sein.
2013 boten die Pallotiner dem Verein eine ehemalige Werkstatt an, und so konnte die Wärmestube im Gebäude verbleiben. Am 5. März 2014 wurde von Oberbürgermeister Tobias Eschenbacher der Startschuss für den notwendigen Umbau gegeben. Der von Architekt Sebastian Habermeyer mit Hilfe von im Freisinger Raum ansässigen Betrieben organisierte Umbau belief sich auf ca. 60 000€ und wurde zum Teil über Spenden u.a. auch der Bürgerstiftung Freising finanziert. Im Dezember 2015 fand mit tatkräftiger Hilfe der Malteser der Umzug statt. Die neue „Heimat“ der Wärmestube bietet nun in einem Gästeraum auf 75m² (vorher 45m²) ungefähr 30 Menschen Platz (vorher 15). Der Schichtbetrieb beim Mittagessen ist vorbei. Daneben stehen eine Küche, das Büro, ein Lagerraum und die Kleiderkammer zur Verfügung. Im Gästewaschraum mit Toilette können Dusche, Waschmaschine und Trockner genutzt werden. Statt der steilen Treppe ins Untergeschoss müssen nur noch drei flache Stufen hinunter zum Eingang überwunden werden.